La chirurgie ne s'adresse qu'à la fraction trés limitée des épilepsies qui ne sont pas contrôlées par le traitement médical.
Certaines interventions ont pour but d'éliminer les crises ou tout au moins d'en diminuer suffisemment le nombre pour obtenir un bénéfice conséquent, améliorer le confort de vie des patients et permettre la meilleure insertion socio-professionnelle possible. Ces interventions s'adressent à certaines formes d'épilepsies partielles. Une première modalité chirurgicale se limite à l'exérèse de la lésion responsable de l'épilepsie quand cette lésion est identifiée ("lésionectomie"). Mais le plus souvent l'ablation du foyer épileptique lui-même (cortectomie) est nécessaire.
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