هناك عدة اضرار لإستعمال الصابون المطهر وهي كالآتي :
1 - لا يقتل الصابون الجراثيم كما نشاهد في الاعلانات ولكن قد يقتل البكتيريا المفيدة وبالتالي تقل مناعة الجسم
2 - يسبب الصابون الحكة في الجلدة وجففها وأيضا الحساسية والالتهاب
3 - الصابون المضاد للبكتيريا يساعد على تكوّن بكتيريا مقاومة للمضادات الحيوية
4 - قد يسبب الصابون إختلال هرمونات الغدد الصماء
5 - الإكثار من إستخدام الصابون يجعل البشرة أكثر عرضة للجفاف والتجاعيد
6 - تحتوي بعض أنواع الصابون على مركبات ومواد صناعية قد تؤدي إلى خلل في الهرمونات